El Colegio Arzobispo Fonseca ofrece alojamiento para profesores, postgraduados, licenciados, personal de administración y servicios, visitantes e invitados de la Universidad. Cuenta también con salones para actos institucionales y celebraciones con diferentes capacidades.

Dispone de 69 plazas de alojamiento en habitaciones individuales y dobles, en régimen de pensión completa o alojamiento y desayuno, con baño completo, televisión por cable, teléfono, conexión directa a Internet, etc. Cuenta igualmente con restaurante y cafetería abiertos al público.

Ofrece también salones con capacidades desde 18 hasta 180 personas para celebración de actos institucionales, conferencias, reuniones, comidas, cenas de gala, etc. El edificio no dispone de condiciones adecuadas de accesibilidad para personas con problemas de movilidad. El llamado Colegio del Arzobispo Fonseca, de los Irlandeses, o de Santiago el Cebedeo, es un edificio del siglo XVI declarado B.I.C. desde 1931, valorado como una de las mejores obras del Renacimiento español. Destacables son su portada, su capilla con retablo de Alonso Berruguete y su patio, diseñado por Diego de Siloe, auténtica joya renacentista.